O EEG e o EMG são bastante diferentes.
O EEG, de rotina, é normalmente feito com uma touca ou com electródods, e o gel é para melhor a condução do sinal diminuindo a impedancia. Normalmente associado a problemas neurologicos (como as enxaquecas). Neste exame é pedido para fazer algumas coisas como abrir e fechar os olhos diversas vezes, respirar com força, olhar fixamente para um foco de luz (fotoestimulador), e consoante o caso, poderá ser necessário passar pelas brazas (a.k.a durmir um bocado). Para além de EEG de rotinas existe o EEG 24h (é parecido mas tem de andar com um equipamento 24h, normalmente estes equipamentos são ambulatórios e as pessoas levam para casa). Se fizeres pesquisa pela net também vais encontrar o EEG associado à epilepsia, o que implica uma monitorização prolongada (mais ou menos 1 semana), mas não será o caso.
O EMG serve para "testar" os musculos, ou seja, são colocadas agulhas ou electródos (consoante a localização do musculo), e é pedido ao paciente para mover o musculo. Outra modalidade do EMG é dar pequenos estimulos (choques) para medir a velocidade de condução do musculo. Normalmente associado a dores musculares.
Outro exame ainda dentro da mesma área é o EP (Evoke Potencial, ou Potenciais Evocados), neste também existem diversas modalidades: Visuais (onde é mostrado num ecrã diversos padrões), auditivos (onde são colocados um auscutadores com um som padrão), também existem musculares (bastante parecido com o EMG). Para o registo de EP normalmente são utilizadas agulhas na cabeça.
Existe também o PSG (polissonográfia) que serve para testar o sono, o que também não é descabido de todo porque as enxaquecas poderão ser por um mau sono. Este exame tem canais de EEG, mas depois tem outros canais que permitem medir o fluxo de ar (inspirado e expirado), movimentos toraxicos e abdominais, roncos, etc.
Se o problema são enxaquecas penso que o exame mais aconselhado é sem dúvida o EEG e talvez com periodo de sono, normalmente este demora no total mais ou menos 1h.