Emites e pagas o imposto mais os juros já (Cidadão -> Pagar -> IUC).
Então consultas os processos (Cidadãos -> Constar -> Infracções Fiscais) e se tiveres processo entra no detalhe, e vê o que aparece em "Documentos do Processo".
Se não tens processo ou nos "Documentos do Processo" não tiveres um auto de notícia podes ir ás finanças, que pode ser que pagues 12,5 ou 25% da coima (conforme a infracção tenha menos ou mais de 30 dias sem auto de notícia emitido, mas pode ser que haja auto de notícia e não apareça no site...). Com auto de noticia convém pensar bem se vale a pena ir ás finanças, porque vais pagar 75% e pode ser que o tempo perdido não valha a pena.
Se fores ás finanças (ou até não indo), provavelmente, a meio do processo recebes um email a dizer que o processo foi arquivado porque não tens infracções anteriores em "condições ... (RGIT29 nº4 ou RGIT32 nº2, mas essencialmente o RGIT29 nº4).
RGIT Artigo 29º - Direito à redução das coimas
...
4 - Nas situações a que se refere o n.º 1, pode não ser aplicada coima quando o agente seja uma pessoa singular e desde que, nos cinco anos anteriores, o agente não tenha:
a) Sido condenado por decisão transitada em julgado, em processo de contraordenação ou de crime por infrações tributárias;
b) Beneficiado de pagamento de coima com redução nos termos deste artigo;
c) Beneficiado da dispensa prevista no artigo 32.º
in:
http://info.portaldasfinancas.gov.pt/pt/informacao_fiscal/codigos_tributarios/RGIT/RGIT29.htm
RGIT Artigo 32º - Dispensa e atenuação especial das coimas
1 - Para além dos casos especialmente previstos na lei, pode não ser aplicada coima, desde que se verifiquem cumulativamente as seguintes circunstâncias:
a) A prática da infracção não ocasione prejuízo efectivo à receita tributária;
b) Estar regularizada a falta cometida;
c) A falta revelar um diminuto grau de culpa.
2 - Independentemente do disposto no n.º 1, a coima pode ser especialmente atenuada no caso de o infractor reconhecer a sua responsabilidade e regularizar a situação tributária até à decisão do processo.
in:
http://info.portaldasfinancas.gov.pt/pt/informacao_fiscal/codigos_tributarios/RGIT/RGIT32.htm