Se conseguires identificar de forma clara qual o cilindro a falhar, e de que é apenas um cilindro a falhar, ficas com informação muito útil.
As possibilidades a partir dai, são mesmo assim mais do que as que indicaste. Tens ainda, como causa provável, um problema mecânico no cilindro e a vela em si (apesar de ser nova).
Se conseguires então, confirmar de forma inequívoca, qual o cilindro a falhar, o passo seguinte, pela facilidade de acesso, passa por trocar as velas e os cabos de ignição entre o cilindro a falhar e um outro que esteja a funcionar. Após fazeres isto, apenas tens que confirmar se continua a ser o mesmo cilindro a falhar, ou se as falhas mudaram de cilindro com a troca.
Se sim, muda velas e cabos e tens o problema resolvido.
Se não, podes aplicar o mesmo processo ao injetor. Se trocado com outro, as falhas mudarem de cilindro, o problema é do injetor. Depende de motor para motor, mas esta situação normalmente requer mais tempo para validar, pois nem sempre é fácil e rápido trocar dois injetores entre si.
A bobine, neste caso, não é tão fácil de descartar ou confirmar, como nos casos em que tens um sistema COP, em que podes de forma muito rápida e fácil trocar as bobines entre cilindros. Nos sistemas DIS, como esse, normalmente as falhas na bobine costumam ser aos pares de cilindros, sendo mesmo o normal. Em casos excepcionais, pode eventualmente afetar apenas um deles... Aqui não é muito fácil, com ferramentas "caseiras", validar o bom funcionamento da bobine. Podes verificar a resistência da bobine secundária, com um multímetro, mas visto que é um teste estático e o problema é intermitente, o esperado é teres um valor de resistência dentro da normalidade.
Um problema mecânico no cilindro, normalmente, é validado com um teste de compressão. Mesmo um teste de compressão não abrange todas as possibilidades de falhas mecânicas. Existem situações, em que um teste de compressão clássico indica um valor dentro dos parâmetros, mas na mesma existem problemas ao nível da "respiração" desse cilindro, provocando os chamados missfires.
Para além disto, pode existir um problema ao nível do comando ou fiação de um injetor, ou bobine, que apenas afete um cilindro. Validar isto, pode não ser possível sem as "ferramentas" certas.
Como podes ver tens uma probabilidade de diagnosticar de forma conclusiva o teu problema, dependendo unicamente da causa.