Se a empresa for isenta de IVA pela atividade e a fatura de compra teve IVA estás isento, se for parcialmente isenta por ter algumas atividades isentas e outras não tens que saber o que o teu contabilista fez com o IVA...
Também está isento de IVA se a compra da viatura teve IVA normal. Se o vendedor usou a isenção do CIVA 9º nº 32 tu não podes usar, se o vendedor esteve no regime dos pequenos retalhistas, ou emitiu a fatura ao abrigo do regime dos objetos de segunda mão arte e coleção e outras coisas assim também não estás isento (vê a fatura de compra).
Artigo 9º Isenções nas operações internas
Estão isentas do imposto:
...
32) As transmissões de bens afectos exclusivamente a uma actividade isenta, quando não tenham sido objecto do direito à dedução e bem assim as transmissões de bens cuja aquisição ou afectação tenha sido feita com exclusão do direito à dedução nos termos do nº 1 do artigo 21º.
...
Artigo 21º Exclusões do direito à dedução
1 - Exclui-se, todavia, do direito à dedução o imposto contido nas seguintes despesas:
a) Despesas relativas à aquisição, fabrico ou importação, à locação, à utilização, à transformação e reparação de viaturas de turismo, de barcos de recreio, helicópteros, aviões, motos e motociclos, não se enquadrando os velocípedes, com ou sem motor, em nenhuma destas categorias de veículos. É considerado viatura de turismo qualquer veículo automóvel, com inclusão do reboque, que, pelo seu tipo de construção e equipamento, não seja destinado unicamente ao transporte de mercadorias ou a uma utilização com caráter agrícola, comercial ou industrial ou que, sendo misto ou de transporte de passageiros, não tenha mais de nove lugares, com inclusão do condutor;
...
Edit: Se a empresa for isenta de IVA pela atividade e a fatura de compra teve IVA estás isento e também estás isento se a fatura não tiver...