Para reparar o pilar em condições, é preciso tirar o vidro.
Qualquer vidro, ao sair, está sujeito a partir-se, e nenhum bom reparador te vai dizer o contrário. é um risco que tens que assumir. Quando há ferrugem, é ainda mais facil partir.
Convém reparar tudo à volta do vidro, de certeza que tem mais podres. Logo aí já te "arriscas" a ter que pintar o tecto, frente, outro pilar, etc, dependendo do que se encontrar.
O resto dá trabalho, mas não parece ser propriamente complicado. é preciso cortar a chapa toda podre, soldar nova chapa à medida e dar o respectivo tratamento.
Podes fazer uma reparação superficial junto ao vidro, sem o tirar, e reparar a cava da roda por dentro. Fica-te bem mais em conta (rondará os 500€), mas daqui a um ou dois anos estás a repetir a operação. No fundo fazes como a malta que cuida das nossas estradas, tapas o problema mas não o resolves
Se quiseres ficar com ela para o futuro, acho que não faz sentido restaurar "bem" só essa parte. Ou reparas para desenrascar mais um ou dois anos para depois restaurar a carrinha toda (vais juntando €), ou restauras já tudo.
Reparar essa parte em condições agora para depois ter que reparar outro lado daqui a pouco tempo é um desperdicio de dinheiro e tempo.
Um restauro bem feito pode chegar aos 5 digitos, e ninguém te dá um orçamento fechado sem ter o trabalho bem encaminhado.