Tanto quanto eu saiba, existe um problema com o biodiesel: como é mais lubrificante que o gasóleo, tem tendência a arrastar os depósitos no fundo do tanque para os cilindros, e esse lixo pode entupir os injectores. O problema é maior se usarem biodiesel 100% (B100) num carro já com depósito. Se usarem B100 num carro novo, até nem há crise. Obviamente, se a mistura for a 5% (B5), o problema é menos acentuado, mas pode acontecer. De qualquer forma, basta uma limpeza aos injectores para ficar tudo ok.
Quanto ao funcionamento com B5, todos os carros europeus tem desde há algum tempo vindo a ser preparados para tal. Creio que essa certificação é inclusive obrigatória (mas não tenho a certeza). As prestações com B5 ou B100 são praticamente iguais às de gasóleo, com a vantagem de haver menos consumo de óleo. Isto porque, como disse, o biodiesel é mais lubrificante que o gasóleo.
As emissões de CO2 baixam (com B100 caem para menos de metade, creio), mas as de óxidos de azoto (NOx) sobem 15% com B100.
Finalmente, o último problema do biodiesel é ter um ponto de congelamento acima do gasóleo, mas isso não afecta muito porque diluído a 5% não se nota quase nada.
Estou a falar de cor, já que não leio sobre o assunto há uns tempos, mas talvez o Luimio possa confirmar algumas destas coisas
