Starcraft,
Descobriu que casar não compensa em termos fiscais. É mesmo assim, infelizmente.
Só não há grandes diferenças de imposto a pagar, quando os rendimentos de ambos são semelhantes em valor e categoria (ambos categoria A - rendimentos dependentes).
Quando um deles tem categoria A + categoria B (recibos verdes), perdem ambos estando casados.
A razão tem a ver com subidas de escalão, pois juntam os rendimentos e, no vosso caso específico, o mais certo é a sua mulher ao descontar 25% ser suficiente estando solteira, mas insuficiente após juntarem os rendimentos de ambos.
No ano em que casei as minhas contas foram +/-:
Eu: devolução de IRS se fosse solteiro = 3.000€ +/- ; Ela: devolviam-lhe cerca de 300€.
Como tivemos de entregar IRS conjunto, recebemos os dois, apenas cerca de 1.500€.
É apenas mais uma subversão que existe no cálculo de IRS.
Ps: A indicação na tua entidade patronal para passar a descontar como Casado também pode ser a origem.
Outra origem da diferença pode ser nas deduções, em que quem tem mais deduções é quem tem menores rendimentos (como temos de colocar o NIF para quem é a dedução, o cálculo pode diferenciar).